Perkembangan kelembagaan Darul ‘Ulum pada fase ini mengalami perubahan dan kemajuan sesuai dengan tuntutan menagerial yang dikehendaki oleh kemajuan kelembagaan Darul ‘Ulum. Perkembangan itu bisa dilihat di bawah ini.
- Perkembangan Kelembagaan
Pada fase ini pembagian tugas kelembagaan lebih rinci dan disesuaikan dengan profesi perseorangan yang duduk di personalia lembaga. Ada Yayasan Darul ‘Ulum, Yayasan Universitas Darul ‘Ulum, dan ada Yayasan Tareqat qodiriyah wannaqsyabandiyah yang berpusat di Darul ‘Ulum. Masing-masing yayasan/ lembaga terkait oleh nilai dan norma misi kelembagaan Darul ‘Ulum yang termuat garis besar khittkhah trisula, yaitu satu rangkuman nilai dan norma menjadi misi pendidikan Darul ‘Ulum. Nilai tersebut bersumber dari nilai-nilai yang berada di lembaga pendidikan Pondok Pesantren Darul ‘Ulum, Universitas Darul ‘Ulum dan tarekat qodiriyah wannaqsyabandiyah. Jadi, pada periode ini lembaga pendidikan Darul ‘Ulum lebih meningkatkan profesionalisme dalam kepengurusan kelembagaan yang dimiliki oleh Darul ‘ulum:
- Lembaga pendidikan Pondok Pesantren Darul ‘Ulum.
- Lembaga Universitas Darul ‘Ulum.
- Lembaga tarekat qodiriyah wannaqsyabandiyah yang berpusat di Darul ‘Ulum.
- Bidang Pendidikan
Lembaga pendidikan kejuruan pada babak ini lebih mendapat tekanan dikembangkan di samping lembaga pendidikan umum dan agama.
- Pada tahun 1988 dibuka program komputer.
- Pada tahun 1989 dibuka SMEA Darul ‘Ulum.
- Pada tahun 1991 dibuka Akademi Perawatan Darul ‘Ulum.
- Pada tahun 1992 dibuka sekolah Teknik Menengah Darul ‘Ulum.
Pendidikan kejuruan di atas melengkapi lembaga-lembaga pendidikan di Darul ‘Ulum yang telah berkembang pada periode baru fase pertama.
- Bidang Fisik Bangunan.
Tuntutan masyarakat akan kelayakan dalam penyelenggaraan pendidikan menyebabkan pimpinan Darul ‘Ulum berupaya secara maksimal membangun sarana fisik demi menunjang siswa didik mencapai tujuan pendidikan yang diinginkan. Usaha pembangunan fisik bisa dilihat dari penambahan ruang kelas dan perkuliahan, asrama dan ruang penunjang.
Pada tahun 1986 dibangun gedung perkuliahan Fakultas Hukum dan Teknik di jombang, pada tahun 1987 gedung Fakultas Tarbiyah di Jl. Rejoso Peterongan, pada tahun 1990 gedung pertemuan UNDAR berdiri dengan kapasitas 2.000 orang. Sementara di pondok pesantren Darul ‘Ulum selama berturut-turut dibangun gedung SMA Darul ‘Ulum tahun 1986 bersamaan gedung asrama ibnu siena, pada tahun 1987 dibangun SMA putri bersama dengan asrama raden rahmat, pada tahun 1989 dibangun gedung MAN Rejoso 7 lokal di MTsN 5 lokal bersamaan dengan asrama Bani Tamim dan Al-Ghozali. Dan terakhir pada tahun 1992 dibangun gedung Akademi Keperawatan Darul ‘Ulum.
Semua pembangunan sarana tersebut adalah upaya konkret Darul ‘Ulum memberikan layanan pendidikan.
- Bidang Kepemimpinan.
Seperti telah dijelaskan pada poin nomor 1, kepemimpinan Darul ‘Ulum pada periode ini tetap menggunakan sistem keluarga, artinya baik di pondok, di universitas maupun di tarekat qodiriyah wannaqsyabandiyah unsur pimpinannya terdiri atas unsur keluarga besar pendiri Darul ‘Ulum yaitu KH. Tamim Irsyad, beliau mempunyai tiga anak:
Pertama : Nyai Hj. Fatimah istri KH. Cholil
Kedua : KH. Romly Tamim
Ketiga : KH. Umar Tamim
Dari ketiga putra inilah secara tradisional mewarisi kepemimpinan Darul ‘Ulum sampai pada fase kedua, sesuai dengan kemampuan dan keilmuan yang dimiliki. Di pondok Pesantren Darul ‘Ulum, kepemimpinan dipegang oleh lembaga Majelis Pimpinan Pondok Pesantren Darul ‘Ulum, di Universitas Darul ‘Ulum dipegang oleh pimpinan Yayasan dan Rektorium, sedangkan di tarekat dipegang oleh Al-Mursyid.
Adapun kepemimpinan pada periode baru fase dua di Pondok Pesantren Darul ‘Ulum secara kolektif berada dalam lembaga Majelis Pimpinan Pondok Pesantren yang personalianya disusun secara struktural berdasarkan keilmuan dan senioritasnya. Lengkapnya adalah sebagai berikut:
Ketua Umum : KH. A. DIMYATHI ROMLY
Sekretaris Umum : Drs. KH. CHOLIL DAHLAN
Bendahara Umum : Drs. HM. ZA’IMUDDIN WIJAYA AS’AD, MS.
Koord Alumni dan ikapdar : KH. A. TAMIM ROMLY, SH.MSi.
Koord Kesra dan Olahraga : Drs. H. MUH. IQBAL HASYIM
Koord Pengajian dan Kepondokan : HM. HAMID BISHRI, SE.MSi.
Koord Kamtib : ROHMATUL AKBAR, ST.